曹洞宗。越後一の寺で約1,200有余年の歴史があり、当庵十世、北高全祝禅師は越後の国主上杉謙信、甲斐の国主武田信玄の禅の師として、民百姓の迷惑を思われ両雄に川中島で戦うよう図られたり、謙信公に塩を甲斐に送らせるよう指導。師は後に武田家の菩提寺、龍雲寺の開山となり、以来、雲洞庵の赤門、龍雲寺の黒門と言われ栄えた。宝物殿には、両雄の書状等多数展示されています。
また本堂は、室町時代永亨年間上杉憲実公によって建立されたが、後江戸時代宝永4年(1707)年に再建で豪壮な木組みは深い積雪にも耐えられるように造られて、県の指定文化財になっています。